2009年1月22日，国际科技合作部际协调机制第二次工作会议在北京召开。科技部、中国科学院、中国科协、中国工程院、国家自然科学基金委、国家外专局、卫生部、环保部、农业部、水利部、住房和城乡建设部等11家国际合作部际协调机制成员单位，以及中国地震局国际合作司、中国海洋局国际合作司两家特邀单位的领导出席了会议。

科技部国际合作司靳晓明司长主持会议，并对2008年国际科技合作部际协调机制的工作情况进行了总结。与会的各成员单位介绍了本部门2008年国际科技合作情况及2009年的工作计划，在此基础上，各成员单位对2009年国际科技合作部际协调机制工作如何开展进行了讨论。

会上，代表们纷纷表示，希望在国际科技合作部际协调机制中，进一步明确各部门职责，发挥各部门特长，做好部门之间的分工协作，把优势集成起来，形成更大、更综合的优势，为提高我国科技创新能力发挥更大的作用。